本中心自106年開始執行實體典藏，文物經現勘、評估、審查通過後入藏，至今已藏有1萬6千餘件。入藏文物搬運入庫時會先置於「暫存室」隔離觀察，確認未帶有蟲害、黴菌等污染狀況後，再至「整理室」進行清理、整飭及製作保護措施，最後放置於有機庫房或無機庫房妥善保存。
